种植百香果容易出现烂根、烂茎和死苗现象，且多在开花结果期发生，种植第二、三年发生往往更严重，连续多年种植的发生更普遍。主要原因是，土壤中有益菌减少，有害菌增多，影响了百香果的正常生长。如在种植期间增施生物有机肥，就能增加土壤中的有益菌，抑制有害菌，并分解土壤中的有毒有害物质，进而减少烂根、烂茎和死苗现象的发生。
种植时，要施生物有机肥作基肥。一般每株施生物有机肥50～100克，并与其他基肥如氮磷钾完全肥、沤制腐熟人畜禽粪等充分搅拌均匀后，再与挖种植穴时挖起的泥土充分搅拌混合，回填种植穴后再种植苗木。
在百香果生长过程中，特别是开花结果后，应每月根部施一次生物有机肥，每次每株施150～200克，均匀撒施在植株根部周围的土壤中，再培上一层厚约8～10厘米的泥土，将生物有机肥全部覆盖住。也可每次每株淋施250～300倍液体生物有机肥水溶液2～3公斤，均匀淋施在植株根部周围的土壤中，以肥液完全渗透入泥土中不往外流为宜。
另外，在每年冬末春初对百香果进行更新修剪后，要重施一次生物有机肥，每株施150～200克，并与其他肥料如磷钾肥、沤制腐熟人畜禽粪、氮磷钾完全肥等充分搅拌均匀后，在离植株60～80厘米的地方，围绕植株挖深、宽各30～40厘米的环状深沟，把肥料均匀撒施在环状深沟内并盖土，将肥料全部覆盖住。
